个人申请工伤认定，但是单位不配合的，职工可以先与其进行协商；协商不成的，可以到人力资源和社会保障局投诉，投诉不成，还可以到劳动争议仲裁委员会申请仲裁。根据法律规定，用人单位在工伤事故发生后应当申请工伤认定或者配合员工申请。
《工伤保险条例》第十七条第二款用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
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